Heilige oorlog op de Molukken

De Portugezen maakten door de verovering van Malaka in 1511 veel vijanden onder de Aziatische moslims. Toch kregen zij op Banda dezelfde rechten en plichten als andere vreemde handelaren die op nootmuskaat en foelie uit waren. Ook op Ternate mochten zij deelnemen aan de kruidnagelhandel. Zij kregen zelfs een voorkeursbehandeling, omdat de Ternatanen gebruik wilden maken van het militaire overwicht dat de Portugezen hen konden geven. De Portugezen mochten een eigen kasteel op Ternate bouwen en de bevelhebber daarvan kreeg de titel capitão de Maluku, kapitein van Maluku.

Sultans en rijksbestuurders

In Ternate werd de macht uitgeoefend door de sultan. Hij werd terzijde gestaan door de rijksbestuurder, die het dagelijks bestuur voerde en daardoor in de praktijk veel invloed op het beleid had.
Vanaf het begin probeerden de Portugezen greep te krijgen op de machtsverhoudingen binnen het rijk. Mede door hun toedoen werd de benoeming van sultans en rijksbestuurders de inzet van een, soms bloedige, machtsstrijd.
De jonge Hairun Djamilu was de eerste sultan van Ternate die, met enkele onderbrekingen, gedurende langere tijd aan het bewind was. Als moslim vorst was het hem toegestaan om een uitgebreide harem te hebben. Hij maakte daarvan gebruik om huwelijken te sluiten met prinsessen en vooraanstaande vrouwen uit Tidore, Djailolo, Batjan en Halmahera. Daarmee versterkte hij zijn prestige en gezag in Maluku.

Expansie van Ternate

Met de steun van de Portugezen breidde Hairun het rijk van Ternate uit. Hij onderwierp de negorijen op de Sula-eilanden en de westkust van Buru, die als tussenstations fungeerden voor het handelsverkeer tussen Java en Ternate. Vervolgens stelde hij er hoge Ternatanen uit het geslacht Tomagola aan als salahakan of stadhouder.
Toen de kruidnagelteelt en kruidnagelhandel zich uitbreidden naar Hoamoal, bracht sultan Hairun dit gebied eveneens onder zijn gezag. Hij kreeg daarvoor de kans in 1558, toen er binnen de negorij Luhu een conflict ontstond en één van de betrokken partijen hem om hulp vroeg. Hairun stelde ook op Hoamoal een stadhouder uit het geslacht Tomagola aan.

Missie onder de moslims

De koningen van Portugal en Spanje zagen het als hun opdracht om in Azië en Amerika niet alleen hun heerschappij te vestigen, maar ook het christelijk geloof te verbreiden. Zij steunden de missionarissen die in opdracht van de paus naar de nieuw ontdekte werelden trokken om het christelijk geloof te verbreiden. In Azië merkten de missionarissen echter dat de islam reeds wortel had geschoten in de belangrijkste handelscentra.
In 1545 en 1546 bezocht Francisco Xavier, een van de oprichters van de Jezuïetenorde, Ambon en Ternate op zijn grote reis door Azië. Hij hoopte dat hij sultan Hairun, de meest gezaghebbende en machtige moslim in Maluku, tot het christendom zou kunnen bekeren. Hairun was geïnteresseerd in de verschillen tussen beide godsdiensten en hij voerde lange godsdienstige en filosofische gesprekken met Xavier. Uiteindelijk sprak hij de hoop uit dat christenen en moslims hun geloofsovertuigingen op een dag met elkaar zouden verzoenen.
Hoewel de missionarissen zich inspanden om bekeerlingen onder vooraanstaande moslims op Ternate, Tidore en Djailolo te maken, lukte dat slechts in incidentele gevallen.

Missie onder de niet-moslims

Xavier was teleurgesteld dat hij er niet in slaagde om de sultan te bekeren, maar hij zag nog andere mogelijkheden om het geloof uit te dragen. Op 10 mei 1546 schreef hij aan zijn ordebroeders in Europa:

‘De heidenen in deze streken van Maluku zijn talrijker dan de Moren. De heidenen en de Moren staan vijandig tegenover elkaar. De Moren willen dat de heidenen Moren worden of hun slaven zijn; en de heidenen wensen geen Moren of, nog minder, hun slaven te zijn. Als ze iemand hadden om hen de waarheid te verkondigen, zouden ze alle Christen worden, aangezien de heidenen liever Christenen dan Moren zouden zijn.’

Hij had het scherp gezien. Het lukte de missionarissen inderdaad om talrijke bekeerlingen te maken op naburige eilanden, waar de hoofden niet aan Ternate waren onderworpen en niet tot de islam waren overgegaan. Zo vonden zij een gunstig gehoor op Morotai en in het noordelijk deel van Halmahera, in Menado en op de Banggai-archipel. In 1557 maakten zij talrijke bekeerlingen op Batjan, waar de sultan in conflict met Ternate was geraakt en zich tot het christendom had bekeerd.
Ook op de Ambonse eilanden maakten de missionarissen meer bekeerlingen onder de niet-moslims dan onder de Ternatanen en Hituezen. Nadat de Portugezen in 1537 gedwongen waren om Hitu te verlaten, hadden zij zich aan de baai van Ambon gevestigd. Zij werden er verwelkomd door de negorij Hatiwe, die vanouds een rivaal van Hitu was geweest. Hatiwe ging over tot het christendom en sloot een bondgenootschap met de Portugezen. Andere negorijen op Leitimor, Haruku, Saparua en Nusalaut sloten zich daarbij aan.

Escalatie van conflicten

In de tweede helft van de zestiende eeuw liepen de conflicten tussen moslims en christenen op.
Vanaf 1558, toen de Ternatanen zich op Hoamoal vestigden, werden de Portugezen en hun bondgenoten voortdurend aangevallen door hun tegenstanders uit Hoamoal, Hitu en Java. In 1563 en 1569 kwamen oorlogsvloten uit Malaka hen te hulp, maar het oorlogsgeweld laaide na hun vertrek telkens weer heftig op. Uiteindelijk besloten de overlevenden om van de noordkant van de baai van Ambon naar de zuidkant te verhuizen, waar zij meer bondgenoten hadden. In 1575 begonnen zij met de bouw van het kasteel Nossa Senhora da Anunciada, op de plaats waar nu het centrum van de stad Ambon ligt.
Dit kasteel werd het belangrijkste Portugese bruggenhoofd in de Molukken, want intussen hadden de Portugezen zich op Ternate zelf onmogelijk gemaakt door in 1570 sultan Hairun Djamilu te vermoorden. In 1575 moesten zij Ternate verlaten en zich terugtrekken op Tidore en Ambon.
Hairun’s zoon en opvolger, sultan Babullah, onderwierp daarna de vorsten op Halmahera, Batjan, Menado en Banggai, die onder de bescherming van de Portugezen hadden gestaan. De meesten van hen gingen vervolgens over tot de islam.
Ook op de Ambonse eilanden konden de Portugezen en hun bondgenoten zich maar met moeite staande houden. In 1591 werden zij in hun kasteel op Ambon twee maanden lang belegerd door een gezamenlijke strijdmacht van Hituezen, Ternatanen, Javanen en Bandanezen. In de heilige oorlog tussen christenen en moslims waren zij in de verdediging gedrongen.