Op de Banda-eilanden waren er grote tegenstellingen tussen oude en nieuwe nederzettingen:
Ondanks de soms hoog oplopende conflicten tussen oude en nieuwe bewoners, vergaderden alle hoofden van Banda regelmatig op ‘neutraal terrein’ in de negorij Orotatan, onder leiding van de orangkaja van Orotatan. Deze orangkaja trad zo nodig ook op als woordvoerder en bemiddelaar tussen de Bandanezen en de Portugezen, Engelsen of Nederlanders.
Tussen 1605 en 1621 deed de Compagnie verschillende pogingen om door onderhandelingen of geweld een monopolie op de handel in nootmuskaat en foelie af te dwingen. De Bandanezen bleven zich heftig daartegen verzetten. In 1609 lokten zij een veertigtal officieren en manschappen van de Compagnie in de val en brachten hen om het leven.
Uiteindelijk verzamelde gouverneur-generaal Jan Pietersz. Coen een vloot met tweeduizend manschappen, waarmee hij in maart 1621 het belangrijkste centrum van verzet, de negorij Lontor, bestormde en veroverde.