In de zeventiende eeuw werden ook op het eiland Manipa kruidnagelbossen aangeplant. Om de hoofden gunstig te stemmen schonk sultan Hamza van Ternate, bij een bezoek aan de hoofdplaats Tumalehu in 1638, aan twee van hen de titel sengadji.
De opstand van de Ternataanse stadhouder Madjira begon in 1651 met een reeks overvallen op handelsposten en versterkingen van de Compagnie. Onder leiding van sengadji Kuasa drongen de opstandelingen op Manipa met een list de versterkte handelpost binnen en brachten alle bewoners om het leven. De Compagnie onderdrukte de opstand, verwoestte alle kruidnagelbossen op Manipa en bouwde bij Tumalehu het fort ‘Wantrouw’. Kuasa en zijn zonen werden verbannen naar de kampong Batumerah, vlak bij het fort Victoria op Ambon.
Hoewel Kuasa zijn diensten aan de Compagnie aanbood en nog meehielp om de laatste haarden van verzet op Buru op te ruimen, was hij zijn status als hoofd van Manipa nu definitief kwijt.
Zijn zoon Achmad werd in 1657 met een paar honderd andere bannelingen van Hoamoal en de omringende eilanden geronseld om als een ‘compagnie Ambonezen’ voor de Compagnie te vechten. In Batavia kregen zij tot taak om de grenszones rond de stad te bewaken. Ook werden zij ingezet voor militaire expedities op Ceylon en Sumatra. In deze oorlogen voerden zij meestal man-tegen-man-gevechten onder dekking van een compagnie musketiers.
Toen op Ceylon zijn kapitein, radja Tahalele van Boano, sneuvelde, nam Achmad zijn plaats in. Sindsdien werd hij ‘kapitein Jonker’ genoemd.
In 1666 voer de admiraal Speelman uit met een legermacht van Europese militairen, een compagnie Ambonezen onder leiding van kapitein Jonker en een compagnie Buginezen onder leiding van de Buginese prins Arung Palakka. Speelman had de opdracht om sultan Hasanuddin van Makassar duidelijk te maken dat de Compagnie verdere machtsuitbreiding van zijn handelsrijk in Oost-Indonesië niet zou toestaan.