In 1779 werd sultan Djamaluddin van Tidore met twee van zijn zonen gearresteerd en verbannen. Kaitjili (Prins) Nuku was de derde zoon van Djamaluddin. Toen de Compagnie in 1780 een opvolger uit een andere tak van de familie benoemde, kwam hij daartegen in opstand. Hij week uit naar Oost-Seram en riep zichzelf uit tot ‘Sultan van Seram en Papua’. Met zijn volgelingen van Halmahera, de Papoese eilanden en Seram trok hij ten strijde tegen de Compagnie. Zijn oorlogsvloten van meer dan honderd vaartuigen voerden aanvallen uit op de kusten van Seram, op Buru en Buton, Sula en Obi, en zelfs op Hitu, Haruku, Saparua en Nusalaut. In 1783 kon de Compagnie, met steun van Ternate, ternauwernood voorkomen dat Nuku Tidore veroverde en de troon alsnog voor zichzelf opeiste.
Nuku’s aanhang nam af, toen zijn broer Kamaludin op voorstel van de Compagnie in 1784 tot sultan werd benoemd, maar hij bleef een ongrijpbare opstandeling. De kansen keerden weer rond 1795, toen in de Nederlanden de Bataafse Republiek werd opgericht. De Engelsen namen het bestuur op Ambon en Banda over en besloten om Nuku heimelijk te steunen met wapens en ammunitie. In 1796 trad Kamaludin af om plaats te maken voor zijn broer. In 1801 veroverden de Engelsen en Tidorezen gezamenlijk Ternate. Vervolgens erkenden zij Nuku formeel als sultan van een onafhankelijk Tidore. Hij had zijn doel bereikt.
Deze erkenning werd echter ongeldig, toen Frankrijk en Engeland in 1802 de Vrede van Amiens sloten. De Nederlanders kregen in 1803 het gezag terug over al hun koloniën, behalve Ceylon.