In de negentiende eeuw, onder het gouvernement van Nederlands-Indië, voerden de sultans in de Noord-Molukken zelfstandig het bestuur over hun gebieden. Sultan Muhammad Usman bestuurde Ternate en Onderhorigheden van 1902 tot 1914. Hij was de laatste Ternataanse zelfbestuurder.
Sultans en gouvernement hielpen elkaar om rust en orde te bewaren. Ternate en Tidore leverden bijvoorbeeld hulptroepen om de opstand van Pattimura in 1817 te helpen neerslaan en tussen 1858 en 1866 hielpen zij bij strafexpedities tegen de Alfoeren op Seram. Omgekeerd kwam het Nederlands-Indisch leger de sultans te hulp tegen weerspannige* onderdanen, bijvoorbeeld in 1849 op Makian en in 1876 op Halmahera.
De kustdorpen op Halmahera werden bewoond door moslims, maar de Alfoerse bevolking in het binnenland was niet tot de islam overgegaan. In 1865 werd Halmahera door de Utrechtse Zendings Vereeniging tot zendingsveld verklaard. De sultans moesten hiervoor tegen hun zin toestemming geven.
Er kwamen zendelingen op Noord-Halmahera, en vanaf 1902 ook in Sidangoli en Djailolo aan de westkust. Zij probeerden de Alfoeren over te halen om zich op vaste woonplaatsen te vestigen en hun kinderen onderwijs te laten volgen. Al spoedig klaagden zij over wantoestanden onder het zelfbestuur. De Alfoerse bevolking was rechteloos en werd volgens hen veelvuldig het slachtoffer van bedrog, afpersing en gedwongen arbeid door Ternataanse prinsen en andere hoge Ternatanen.
In 1903 besloot het gouvernement om meer toezicht op het zelfbestuur uit te oefenen. Daarna ging het zelf een steeds actievere rol in het bestuur spelen. Zo werd in Djailolo een belastingcontroleur gestationeerd om toe te zien op een meer gelijke behandeling van alle bevolkingsgroepen. Er werd ook een gezaghebber aangesteld om de infrastructuur te verbeteren: de aanleg van wegen, bruggen en steigers zou een stimulans zijn voor ondernemingen. Vooral grootschalige productie van copra, een belangrijke grondstof voor zeep en margarine, bood een economisch aantrekkelijk perspectief.